高度な専門知識と様々な研究手法や研究遂行能力および専門分野を超える幅広い視野をもった、研究者として自立して研究活動を成し得る者に博士の学位を授与する。

具体的には、所定の期間在籍し、必要な研究指導を受け、所定の単位を修得し、博士学位論文の審査（論文審査委員会、研究科委員会）および最終試験に合格した者に博士の学位を授与する。

仏教学専攻の５年一貫の博士課程として、学生定員を１学年４名とし、５学年で２０名の編成による少人数教育を行っている。学生は指導教員のもとで自らの研究計画を練り上げ、それに基づき、研究能力を研鑽し学位論文を作成する。他方で、指導教員による個別指導にとどまらず、他の教員からの意見を聞く機会として、全教員が参加する研究の中間発表の場を設け、研究指導が偏らないよう専攻としての指導体制を敷いている。また、『仙石山仏教学論集』を発行し、在学生が論文を内外に公表する投稿の機会を設けている。

開講科目は、仏教及び仏教に関連する文化についての研究・演習を行い、専門科目のみならず、関連科目の履修を課し、幅の広い研究能力を養成する。仏教学が関わる地理的領域を考慮し、専門科目においては南・東南アジア、内陸アジア、東アジア、汎アジアの４地域に分けた編成・教員配置をなし、それらの地理的領域に対応させている。

毎年、外国から著名な研究者を客員教授として招聘し、諸外国の研究状況に触れる機会を設けている。また、外国の大学との間で結ばれている学術交流協定に基づき、学生の研究上の必要に応じて諸外国で研鑽できるよう配慮している。

基礎学力を有し、勉学意欲、知的探求心旺盛で、過去から学ぶべきものを確実に修得し、なおかつ新たな知見を創造し、将来への展望を開くことができるような学生を日本国内のみならず世界に求める。