歡迎來自日本和世界其他國家的學生。擁有基本學力，有學習意願，對知識有強烈的探索心，以前應該學的知識都已經踏實地學會，還能夠面向未來，創造出新的見解的學生。

佛教學專業是5年一貫制的博士課程。學生定額是一年4人，5年總定額是20人，實施針對個人需求的教育方針。

開講的課程，包括佛教文獻學，哲學，歷史，藝術以及相關課題，旨在培養高超能力與寬廣視野的研究者。在五年課程的後期，學生需在指導教師的指導下，自己作出研究計劃。在此基礎上，提高研究能力，提交博士學位論文，通過審查（口試、論文審查委員會、研究課委員會）之後，授予博士學位。本校每年都會從國外招聘著名學者做客座教授，給學生提供接觸國外研究狀況的機會。另外，也和牛經津大學，漢堡大學，愛鄂托斯羅蘭大學以及中國人民大學等外國學府簽訂了學術交流協議，在學生的研究有必要的時候，可以去國外鑽研。此外，本校和東洋大學大學院文學研究科佛教專業之間簽有協議，可以互換學分。

博士課程的學生，要求擁有精深的專業知識，多種研究手法和高超的研究能力，以及超越本專業的寬闊的視野和較深的宗教文化素養，能夠活躍于國際上的研究者，并能夠分析現代的各種問題，有解決問題的意願和能力。

在學位論文的寫作過程中，不僅停留于指導教師的個別指導，也有聽取其他教師意見的機會。設有全體教師參加的關於現有研究的中間發表，力求建立起全面的專業指導體制。另外，本校發行有
《仙石山佛教學論集》，給在校學生提供論文投稿及發表的機會。