本校研究科是由文獻學和文化學二方面組成。前者是對由印度傳來日本的佛教各種文獻的研究，後者是從歷史學、宗教學、美術史等視點出發，對佛教所進行的綜合性研究。此外，還有全體教師學生都參加的，有關佛教思想里的生命觀（生命倫理）、自然觀（環境問題）等現代課題的考察。

本校的第二大特色在於其國際性。教師及學生都是從國内外招收而來，取得入學資格的學生，在5年一貫教育體制下，直接接受專任教師的論文指導，以在籍期間内完成博士論文為目標。而且，在招聘外國人客座教授的同時，也會隨時從海外聘請優秀的教師和研究人員，舉辦演講會、公開講座等，以便促進研究者之間的學術交流。

本校擁有附屬研究所和附屬圖書館，都是以研究教育為目的而設置運營的。國際佛教學研究所是本校的母體，到現在為止，已發行了30多冊研究書，其活動在國際上受到好評。附屬圖書館精心收藏了各種原典、研究書以及雜誌，約有10萬多冊，作為佛教學專門圖書館，在世界上也是少見的。